极其罕见的病菌
对于罗伯特科赫研究所的专家来说，他们需要尽快解决的两个任务是，找到受污染的食品和确定致病病菌的类型。经过初步探究，他们确定问题出在来自西班牙的黄瓜上。
黑尔格卡希，罗伯特科赫研究所肠出血性大肠杆菌咨询实验室主任，他的实验室设在德国西部的明斯特大学，他的一生都致力于肠出血性大肠杆菌的研究，但是他说：“我从没遇到过像今天这样的情况。”
第一份粪便样本在一个星期一送抵他的实验室。当时疫情已经在北莱茵-威斯特伐利亚州暴发。
卡希和工作人员立即开始分析，结果在星期三晚上便弄清楚，这是极其罕见的O104∶H4大肠杆菌。
卡希在他的电脑面前度过了一个不眠之夜，他所确定的病菌类型实在太罕见了，过去30年间他只遇到过一次。他不能肯定，导致这次疫情的是不是就是这种罕见的病菌。
他用“O104∶H4”作为关键词在明升手机版文献库中进行搜索，但只搜出一个结果，那是韩国的一篇文章，那篇文章中的病例是一个成年妇女，而德国大多数感染肠出血性大肠杆菌者也是成年妇女，惊人的巧合。
致病病菌包含鼠疫基因
卡希想清醒一下，于是喝了一杯咖啡，带着他的德国牧羊犬散步去了。“你能想象到我的经历吗？”回来后，他给华盛顿大学圣路易斯分校的菲利普塔尔发了一封电子邮件。凌晨4点27分，他收到了塔尔的回信：“流行病一般发生在年轻人身上。”仅次于卡希的肠出血性大肠杆菌专家塔尔也从没听说过O104∶H4型大肠杆菌的暴发。
在电子邮件中，卡希推测过为什么疫情没有在儿童当中传播，反而在成年人当中传播的原因，而且德国受感染人数前所未有的多，几家医院的透析床位几乎都满了！
卡希和他的同事认为，问题可能在于病原本身。可能这种罕见的病菌遗传物质发生了变异，它产生的毒素或者说对肠细胞的损害能力变得更加强大。后来公布的病菌基因测序结果证实了卡希的推测。
5月31日，德国一家媒体报道，卡希已发现O104∶H4型大肠杆菌是这次疫情的罪魁祸首，他包含了肠出血性大肠杆菌的多种基因，还包含了鼠疫病菌的一种基因，这使得它更容易致病。不过卡希强调，眼下这种病菌并不会引起鼠疫流行。
重构患者饮食
罗伯特科赫研究所流行病学传染病部门负责人杰拉德克劳斯可没有那么多时间等待医务人员和科研人员研究的结果。汉堡疫情暴发当天，他的四个部下已经来到了疫情暴发中心——鲁尔夫斯塔尔的诊所。他们带来了流行病学专家的首选工具——调查问卷。
研究人员坐在患者床边，耐心地和他们交谈，想要重构他们过去几天的饮食情况不是件容易的事。“我们花了很多时间。”克劳斯说。但是他们的工作是卓有成效的。疫情暴发前的几天，几乎所有的病人都没有吃过生肉或者生牛奶，而几乎所有的病人都吃过没有煮的生蔬菜。
那如何解释病人以妇女居多呢？难道是因为她们在厨房接触过生蔬菜，还是因为女性吃饭时吃的蔬菜更多？
罗伯特科赫研究所派出一支15人的小组利用简单的工具进行病例对照研究。克劳斯说：“这种研究速度快，而且所受到的干扰少。”