2018年5月14日，由华大海洋和国家基因库联合发起的 “千种鱼类转录组”（Fish-T1K）项目正式宣布构建了迄今为止最可靠的鱼类系统演化树，该成果发表于最新一期的。这棵鱼类“明升m88之树”解答了一直以来鱼类起源和进化研究中存在的争论和难题，是鱼类演化研究史上的里程碑式事件。

共同参与这一工作的还有美国乔治华盛顿大学、史密森尼博物院以及新加坡科技研究局。华大海洋2017级博士生黄玉为该论文的共同第一作者，其导师华大海洋副总兼首席app家石琼教授为该论文的共同通讯作者。

鱼类肉质鲜美，营养丰富，价格亲民，是人类重要的动物蛋白质来源。作为进化地位古老且物种多样性丰富的脊椎动物类群，鱼类的物种数量占所有脊椎动物的一半以上。据FishBase数据库统计，目前已发现的鱼类至少33,900种。构建鱼类“明升m88之树”，解析鱼类进化历史，可以找到鱼类进化过程中的演变规律，揭示鱼类丰富的物种多样性背后的起因，为鱼类种质资源保护和合理开发利用奠定坚实的基础。

此次Fish-T1K团队从整个鱼类的不同分类单元中精心挑选了303种鱼类物种，囊括了所有硬骨鱼72个目中的66个，占总分类单元的91.66%。大数据整合了144种鱼类的基因组数据和159种鱼类的转录组数据，采用新的生物信息学分析方法，筛选出1105个直系同源的外显子序列作为分子标记，构建了迄今为止最可靠的鱼类系统演化树。

该“明升m88之树”解决了许多一直以来饱受争议的鱼类分类单元进化问题，涉及硬骨鱼的原始起源类群、骨鳔总目和银汉鱼总目的演化，以及真骨鱼、棘鳍总目、鲈形总目的姐妹群归属等问题。同时，先进的统计学分析方法证明，本次构建的进化树结构十分稳定，是目前覆盖度最广、最可靠的鱼类“明升m88之树”。此外，Fish-T1K团队利用这些组学数据并结合多个鱼类化石出现的时间，有效地估算了鱼类不同类群的起源时间。结果显示，现存的绝大部分鱼类类群早在白垩纪末期之前就已经形成，其中最早出现的类群起源于3亿7千9百万年前。

本研究在很多方面都有重大突破。首先，它新产生了131个物种的转录组数据，极大地扩充了目前的鱼类组学数据资源库。其次，装配出迄今最大的鱼类组学数据集，用统计检验解决了许多鱼类起源和演化过程中悬而未决的问题。最后，本研究中所鉴定和开发的1105个分子标记片段也可以为将来构建全鱼类进化树提供参考。

系统发育关系是我们了解明升m88起源和进化的基础。鱼类“明升m88之树”的构建，让我们更好地了解鱼类的遗传进化机制、物种多样性及其在生态方面的重要性，为物种多样性及濒危物种的保护提供app的指导意见，也将为海洋生态环境保护、经济物种的繁育、人类健康等研究奠定重要的科研基础。

据了解，Fish-T1K（Transcriptomes of 1000 Fishes）项目成立于2013年11月，旨在完成一千种鱼类的转录组测序和分析，解密鱼类起源、进化、生殖、发育、免疫等多方面的app问题。目前，该项目已成功吸引了来自7个国家的20多家科研机构的积极参与，完成了200多种硬骨鱼类物种的转录组测序和组装，成功构建了全球首个大规模的鱼类转录组数据库，为鱼类基础科研和应用研究提供大数据支撑。2016年5月，Fish-T1K项目白皮书已在GigaScience杂志发表，文中详细地介绍了该项目的研究内容、技术路线以及阶段性成果。

目前Fish-T1K的所有转录组数据已全部上传至NCBI的SRA数据库，同时在Fish-T1K官方网站（www.fisht1k.org）上也有备份和共享。接下来，Fish-T1K全球合作联盟将朝着完成1000种鱼类的转录组测序和分析的阶段目标继续努力， 并在进一步分析鱼类各个子类群的系统发育关系、全面解读鱼类多样性的进化机制的同时，开展一系列子课题研究。例如利用这些数据，挖掘新型鱼类毒素多肽并探讨其潜在的药用价值，探究鱼类海-淡水适应性机制、鱼类生长调控机制等等。目前，部分子课题已经取得突破性进展。Fish-T1K项目产生的海量组学数据及其阐明的app问题，将大大加速鱼类基础app研究进程，并为水产分子育种、海洋药物研发等明升和明升手机版应用助力。

近期，国际学术刊物Genomics专门设立一期Fish-T1K专刊，以支撑和推动Fish-T1K项目的应用与推广。（来源：明升手机版(明升中国)）