近日来自美国Dana-Farber癌症研究所（Dana-Farber Cancer Institute）、哈佛明升手机版院、布洛德研究所（Broad Institute）、以色列魏兹曼app等处的研究人员对大肠癌样品展开了全基因组测序分析，并从中发现了与大肠癌发病相关的一个新的基因融合。新研究发现为进一步了解大肠癌的发病演化机制提供了新线索。相关论文发表在9月4日的《自然—遗传学》（Nature Genetics）杂志上。
大肠癌（Colorectal Cancer）为结肠癌和直肠癌的总称，是胃肠道最常见的恶性肿瘤之一，仅次于胃癌、食管癌。约半数患者接受传统切除手术后癌细胞会转移或扩散，而一旦出现转移或扩散，5年存活率只有8%。
在这篇文章中，研究人员利用Illumina GAII的测序平台对9例大肠癌肿瘤组织及匹配的正常组织进行了全基因组测序分析，其测序深度分别达到30.7倍和31.9倍。根据基因组分析的结果，研究人员发现了137,968个潜在的体细胞突变，其中的712个有可能导致了蛋白质编码序列碱基错义替换（non-synonymous substitution）、插入或缺失。研究人员利用质谱基因分型法对521个缺失突变进行了检测，证实其中的439个是真正的体细胞突变。
基于基因组分析的结果，研究人员推测出每个大肠癌基因组大约每10-6个序列包含5个突变，其中基因间序列大约为每10-6个序列包含6.7个突变，内含子序列大约为每10-6个序列包含4.8个突变，外显子序列大约为每10-6个序列包含4.2个突变。此外，研究人员还粗略推算出在外显子序列中大约每10-6个序列就包含3.1个错义突变。研究人员指出与过去的研究相一致的是，他们发现突变主要集中在基因组的CpG位点。
在随后研究人员在对另一组的97个结肠癌肿瘤样品进行筛查时，在3例癌症样本中发现了一个新的基因融合VTI1A -TCF7L2。
癌症中的染色体重排常常导致两个独立的基因融合在一起。在某些情况下，两个基因编码区连接在一起，导致融合蛋白的表达。而有时基因重排会导致一个基因处于另一个基因的调控元件之下，从而引起异常的基因表达。基因融合与多种血液、骨髓和软组织癌症，如白血病、淋巴瘤等相关。近年来一些研究发现在一些实体瘤中如胃癌、前列腺癌中也存在有基因融合。
“利用高通量的基因组测序技术，我们在3例大肠癌样本中发现了VTI1A-TCF7L2融合基因，并证实其对于大肠癌的发生发挥了重要的活性作用，”文章的共同通讯作者、同时任职于美国Dana-Farber癌症研究所、哈佛明升手机版院及布洛德研究所的肿瘤病理学研究员Matthew Meyerson说。
新研究第一次揭示了与大肠癌发病相关的一个基因融合，这一研究发现或将帮助医生更有效地开展临床治疗，并推动研究人员开发出新治疗药物及大肠癌癌诊断新工具。（来源：生物通 何嫱）
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