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作者:Xiaoqian Xu 来源:《分子遗传学与基因组学》 发布时间:2009-6-12 14:50:08
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隆线溞孤雌生殖状态基因表达谱研究
 
2009年6月,中科院北京基因组研究所基因组app及信息重点实验室与华东师范大学明升m88app学院合作的研究成果,“Analysis and comparison of a set of expressed sequence tags of the parthenogenetic water flea Daphnia carinata” 论文在《分子遗传学与基因组学》(Molecular Genetics and Genomics)杂志上发表。
 
隆线溞隶属节肢动物门(Arthropoda)、甲壳纲(Crustacea)、鳃足亚纲(Branchiopoda)、双甲目(Diplostraca)、枝角亚目(Cladocera)、溞科、溞属 。隆线溞有两种不同的生殖方式:孤雌生殖(单性生殖)与两性生殖。当外界条件比较适宜时,枝角类就行孤雌生殖。在环境条件恶化时,枝角类就行两性生殖,这时种群中不仅有雌体,同时还出现雄体,二者随即交配。两种生殖方式的交替,是枝角类对外界环境的一种特殊适应,孤雌生殖在有利环境下充分利用了条件,而两性生殖在不利环境下保证了种的生存与连续性。枝角类不但生殖方式特殊,还是一类重要的水生经济动物。它具有较高的蛋白质含量(占干重的40 % - 60 % ),还含有水产经济类动物鱼、虾、蟹等生长发育所必需的氨基酸、维生素及钙质,是生产上十分理想的活体饵料,其产量与渔业生产关系密切。
 
科研人员对样品随机测序(5′端)3072条,一共得到3,040条高质量的EST序列,并最终得到1,495条unique sequences(465条contigs和1,030条singletons)。通过与公共数据库内的序列进行比对,总共注释了959个(64%)基因。通过基因表达丰度和功能分析(主要是GO和KEGG),对其基因表达谱特征有了全面的认识。其中与生殖和胚胎发育相关的基因共鉴定到57个基因,其中VTN和VTG基因所占比重较高;发现了生殖特异性表达的基因如ubulin alpha chain;另外检测到一些明升手机感应基因(CSP)和热激蛋白(HSP)基因。推测这些密切感受环境变化的基因在孤雌生殖中起到重要的作用,为以后克隆其全长基因序列并研究功能奠定了基础。
 
通过与近缘物种蚤状溞(Daphnia pulex)基因组序列的比对,比对之后得到1,283条(86%)unique sequences与其基因组有较高的相似性。其中1,158条比对到基因的编码区域,另外有125条序列比对到基因间区或者内含子区。这些结果从侧面反映了水溞近缘种间(D. pulex和D. carinata)基因组序列、表达水平上的差异,为后续的比较基因组学分析提供了有力的支持。(来源:中科院北京基因组研究所)
 
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