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作者:朱汉斌 来源:明升中国app报 发布时间:2023/10/27 14:21:20
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新平台助力植物核糖核酸修饰研究获进展

 

广东省农业app院水稻研究所研究员刘琦团队联合明升中国林业app研究院副研究员丁昌俊团队、四川大学教授曹毅团队在植物核糖核酸(RNA)修饰数据库平台助力植物RNA修饰研究方面取得新进展。近日,相关成果在线发表于《核酸研究》。

近年来,模式植物系统中RNA修饰的范围和功能已成为研究的热点,然而,目前缺乏一个数据库平台能够对植物RNA修饰及其相关调控数据进行全面挖掘、注释和可视化。

研究团队通过收集、整理和分析20种植物物种RNA大数据,开发了植物RNA修饰综合数据库(PRMD)。研究人员表示,PRMD对用户完全免费开放,后续版本中将进一步添加和完善不同植物物种的不同种类RNA修饰数据。

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PRMD 数据库流程图。研究团队 供图

据介绍,该数据库不仅提供了一种直观显示信息的届面,还提供了RMlevelDiff、RMplantVar、RNAmodNet和Blast等多种可视化和功能分析工具,并且通过mRNAbrowse、RNAlollipop、JBrowse和Integrative Genomics Viewer等可视化届面能清晰显示相关的分析和统计结果。同时,研究团队利用数据库对水稻驯化中RNA的修饰作用进行了深入探讨。

上述研究得到广东省农业app院生物育种中心协同创新项目、国家自然app基金以及林木遗传育种国家重点研发项目等项目的资助。

相关论文信息:http://doi.org/10.1093/nar/gkad851

 
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