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截至2020年2月10日，共有55条2019-nCoV的病毒基因组可公开获取。其中，在1月22日以前获取的31份测序数据几乎全部来自于明升中国（仅有1例来自于美国）。然而1月22日以后，余下的24份数据一律源于境外，包括日本、韩国、新加坡、澳大利亚、美国、法国、英国等。

国内学术界对于所谓“高影响因子期刊”发表文章的强烈需求，远远超乎国际的惯例。扣留数据其实也反映了国内论文发表的评价体系。

研究人员对“高分期刊”过度看重的不良风气， 在这次疫情里已显示不仅仅是学术圈内的问题了。扣留数据通常不会干扰社会的正常运行，但在当前的危急情形下， 影响会是严重而深远的。

现在不要求你写大文章，也不要求你的写作符合高水平期刊的要求，请大家把数据及时共享到开放的平台上！

两周前，中山大学明升m88app学院教授、台湾“中研院”院士吴仲义和中科院脑app与智能技术卓越创新中心学术主任、中科院院士蒲慕明在《国家app评论》撰文，呼吁同行将新冠病毒的基因组数据尽快公开。

“数据背景的断层，使我们很难在时间与地理上找到连续的规律。数据不规范公开的趋势彰显了学术界的矛盾。”

2月18日，两人再次撰文指出，在当前的危急情形下，app家扣留数据的影响会是严重而深远的，并呼吁国内学者即时公布和共享新型冠状病毒测序数据。

《明升中国app报》：为什么关心新型冠状病毒的基因测序数据？

吴仲义：目前，新型冠状病毒可能已经达到顶峰，不会再进化；但也可能蓄势待发，正要进入危险期。

在两级分化的不确定下，只有公开数据，才能让app家知道下一步怎么走。

病毒感染人群后可能会发生快速演变，而自然选择偏好高传染力的突变。17年前SARS的爆发也体现出这样的传播规律：2002年11月至2003年1月底，SARS病毒的传播速度较为缓慢，2003年2月起开始迅速加快，这种趋势一直延续至疫情晚期。

传播加速与病毒RNA序列的改变息息相关；尤其是病毒S蛋白在传播前期快速积累了5个氨基酸突变。这说明SARS病毒从果子狸跃染到人之后，经历了一系列的遗传适应性改变。

目前我们已经看到，两场流行病的特征有诸多不同，但这大多是临床分析上的。如果能尽快获得病毒基因组数据，就可以通过对比两种病毒进化动态的差异，更准确地判断疫情，也更精准地进行防控。

蒲慕明：作为作为科研人员，在很急切地寻找基础数据、想研究这个病毒到底有没有变异时，我们却发现，很难找到较新的国内研究数据，

这很不正常。因为国内有更多的病毒材料，也掌握了更多的相关数据，能开展测序工作的科研人员也并不少。

《明升中国app报》：国内哪些机构能获得新型冠状病毒基因组的最新序列数据？

蒲慕明：很多地方能做，要求就是第一能拿到病毒，第二具备有资质的病毒实验室。理论上1月22日以前发表序列的这些机构都能做。

《明升中国app报》：如此重要的测序数据，在公共平台上却难以查找，这是什么原因导致的？

吴仲义：数据是有的，为何不发我们不知道。

蒲慕明：我们国内没有一个公开的地方可以去查这些数据，这的确很奇怪。我们只能推测有可能是科研人员希望用这些数据去写论文，发表在高影响因子的期刊上。

《明升中国app报》：如果真是这样，那是违背学术道德和科研伦理的吧？

蒲慕明：鉴于当前疫情的严峻形势，是这样的。

因此我们建议采用“胡萝卜加大棒”的方式促进数据的发表。

所谓“胡萝卜”，就是建议期刊接收发表初步处理的组学数据。即便没有新的数据产出，基于先期数据完善的分析结果也应该继续接收。

所谓“大棒”，就是期刊应当对那些隐瞒公共卫生安全数据的论文严肃对待，拒绝发表这种基于不道德学术行为的研究。

应对数据发布，国内已经建立了一些开放数据库（例如http://bigd.big.ac.cn/，http://db.cngb.org，或开放数据分析平台（例如http://fight-sars2.genowis.com) 。

现在不要求你写大文章，也不要求你的写作符合高水平期刊的要求，请大家把数据及时共享到开放的平台上！

以下为吴仲义和蒲慕明2月18日在《国家app评论》发表的呼吁原文：

来源 | 明升中国app杂志社

作者 | 吴仲义 蒲慕明

翻译 | 吕雪梅 （明升中国app院昆明动物研究所）

学术道义与社会职责——呼吁即时公布和共享2019-nCov测序数据

2020年伊始，由SARS-CoV-2 (原称2019-nCov) 病毒引发的COVID-19 (2019冠状病毒病) 席卷全国。两周前，疫情日益严峻，我们曾在本栏目呼吁同行，将此病毒的基因组数据尽快公开[1]。

因为这些数据对全球公共卫生安全有重大意义，国际学术界也通过不同渠道紧急敦促数据共享[2]。然而事与愿违，需求越来越迫切，而国内数据的发布却非常缓慢。

现在，我们再次呼吁加快新冠病毒的数据发布速度。基于专家初步分析病毒进化的结果，我们有更充分的理由重复前述倡议（请参阅致谢部分，本文对相关研究结果的引用皆得到许可）。

在疫情防控的关键时期， 及时发布病毒数据更该是我们的道义和责任。希望学术界能够促进数据的传播与共享，避免不必要的发布延误。

病毒的进化

根据进化的基本原理，病毒感染人群后可能会发生快速演变——这是迅速公布数据的关键app依据。自然选择偏好高传染力的突变，进而增强了毒株的进化优势。而病毒传染力增强，也有可能伴随着毒力降低。

17年前，这样的进化规律已经在SARS的爆发中得到过例证[3]。在2002年至2003年的流行周期中，SARS病毒早期的传播速度较为缓慢（2002年11月24日~2003年1月30日），在流行中期迅速增快（2003年2月）。

这一趋势延续了几个月直至疫情晚期。传播加速与病毒DNA序列的改变息息相关；尤其是病毒S蛋白在传播前期快速积累了5个氨基酸突变。这说明SARS病毒从果子狸跃染到人之后，经历了一系列的遗传适应性改变。

本次COVID-19的防控可以借鉴SARS的经验，但也可能有相当的不同。

因此，如果快速发布病毒基因组数据，我们通过对比2019-nCoV与SARS-CoV得以尽快了解它们进化动态的差异。目前临床分析已经揭示了两场流行病的特征有诸多不同，基因组的分析迫在眉睫。

2019-nCoV的缓慢进化可望稍慰人心

目前，病毒在人群中进化的初步分析（崔杰、陆剑，未发表的研究）仅能基于有限的公共数据(http://www.gisaid.org/)。

截至2020年2月10日，共有55条2019-nCoV的病毒基因组可公开获取。

其中，在1月22日以前获取的31份测序数据几乎全部来自于明升中国（仅有1例来自于美国）。然而1月22日以后，余下的24份数据一律源于境外，包括日本、韩国、新加坡、澳大利亚、美国、法国、英国等。

数据背景的断层，使我们很难在时间与地理上找到连续的规律。数据不规范公开的趋势彰显了学术界的矛盾。

目前的分析结果提示了几个重要的app问题。最关键的是，“2019-nCoV是否在人群中持续的进化？” 如果这一问题的答案是否定的，病毒没有快速变异， 对于抵抗疫情是个定心丸。

从疫情刚开始至2020年2月早期，病毒的变化是相对缓慢的。出现在多例样本中（>=2）的氨基酸突变只有8个。

更重要的是，这些突变的分布与 “沉默”突变（没功能效应的突变）非常相似。这说明，2019-nCoV在传播的过程中没有发生剧烈的适应性变化，这与2002 年SARS病毒非常不同。

简单的说，2019-nCoV可能在野生动物与人之间已经“磨牙”好些时候了，现已进入适应性进化的迟缓期了。我们希望这个推测是对的。如果得到证明，也许可以缓解公众的不安。

隐现危机的可能性

虽然看起来病毒似乎进化迟缓，但是有一些信号不能掉以轻心。

首先， 大部分的氨基酸序列突变都出现在近期国外报道的数据中，隐示病毒也许正进化中。

其次，8个氨基酸序列突变是成簇出现的， 一个突变似乎促进另一个突变的发生。

第三，尤其需要警惕的是位于病毒ORF8基因中28144位点上的突变—— 在1月5日以前于武汉采集的13例样本中只出现了1次（7.8%），但在1月10日之后于武汉之外采集的42例样本中，出现了18次（43%）。

这样的跃变看起来很惊人，但样本数量不够大，统计学上未必可靠。我们需要更多的数据来查清楚这个突变是否是个危险讯号。

另一个突变，在55例样本中仅出现了五次：橙县（CA2/2020，美国）、巴黎（IDF0373, 0373/2020，法国）、高雄（2/2020，明升中国）、克莱顿（VIC01/2020，澳大利亚），但全部是在大陆境外。这也是值得密切关注的。

最坏的可能性是， 经历了两个月的“慢进化”模式之后，2019-nCoV“摸索”出了进化的途径，开始蠢蠢欲动。SARS病毒进化的第一阶段也恰好是两个月。

上面两个推测，不确定性都很高。因为样本数实在不够大。只有完整并及时地发布数据， 才有可能尘埃落定。

数据（不）公开的文化根源

数据共享与否背后有app文化的不良背景。新发布的数据主要来自于国外而不是疫情严重的国内。关于测序数据是否应该公开发布和自由获取，在国内网络上颇有争论。根源在于如何保护研究贡献、影响知识产权。

更具体来讲，国内学术界对于所谓“高影响因子期刊”发表文章的强烈需求，远远超乎国际的惯例[4]。扣留数据其实也反映了国内论文发表的评价体系。一篇论文不管是在A期刊还是B期刊上发表，还是同一篇论文。

研究人员对“高分期刊”过度看重的不良风气， 在这次疫情里已显示不仅仅是学术圈内的问题了。扣留数据通常不会干扰社会的正常运行，但在当前的危急情形下， 影响会是严重而深远的。

的确，第一批发布病毒序列的论文阐明病毒有人传人的可能，但是没及时告知社会。未来回顾这次疫情，这几天的延迟可能是关键。

关于科研人员道义责任的几点提议

鉴于当前疫情的严峻形势，选择不公开病毒相关的数据是有悖科研道德的。应对数据发布，国内已经建立了一些开放数据库（例如http://bigd.big.ac.cn/，http://db.cngb.org，或开放数据分析平台（例如http://fight-sars2.genowis.com) 。

学术期刊，包括《国家app评论》(National Science Review)，应该采用“胡萝卜加大棒”的方式促进数据的发表。

一方面（胡萝卜），我们建议期刊接收发表初步处理的组学数据[1]。更进一步， 基于先期提交的数据完善的分析结果（即便没有新的数据产出），也应该随后继续接收。

另一方面（大棒），期刊应当对那些隐瞒公共卫生安全数据的论文严肃对待，拒绝发表这种不道德学术行为的研究。正如不符合动物实验伦理的研究无可转圜地拒稿， 隐瞒对公共卫生安全至关重要数据的行为，业内更应该秉持零容忍的态度。

致谢

数据分析由明升中国app院上海巴斯德研究所崔杰研究员指导的课题组完成，并得到了北京大学陆剑教授课题组的补充；明升中国app院昆明动物研究所吕雪梅研究员课题组对本文提供了宝贵的意见；志诺维思（北京）基因科技有限公司凌少平博士提供了组学数据分析平台。为避免致COVID-19与SARS的病毒名称混杂，我们使用2019-nCoV的旧名， 最新定名应为SARS-CoV-2。

参考文献：

[1] Wu CI, Poo MM. Natl Sci Rev 2020; Very fast evolution, not-so-fast publication – A proposed solution. http://doi.org/10.1093/nsr/nwaa010

[2] Nature Editorial. Calling all coronavirus researchers: keep sharing, stay open. Nature 578, 7 (2020). http://doi.org/10.1038/d41586-020-00307-x.

[3] He JF, Peng GW and Min J et al. Science 2004; 303:1666-1669.

[4] Wu CI, Poo MM. Natl Sci Rev 2017; 4:518-519. What went wrong in science publishing?