大学的自主权，与资金来源有关，但更主要取决于部门管理大学的模式，说到底，公办学校之所以行政化，主要原因在于有关部门不愿意放权
“南科大去行政化的改革为什么艰难？因为它是一所公办学校。政府出钱举办的大学，政府当然要管，要求公办学校去行政化，其实是一个伪命题。除非这所学校由民间举办。”最近，一位985高校校长与我分析南科大的改革，如此谈到南科大改革难的根本原因。
这位大学校长的说法，并不新鲜。近年来我多次听到教育官员和学校校长分析高校的行政化，他们的基本看法是：“行政化”是公办大学的必然，政府出钱举办的大学，要让政府不管学校，不委派他们放心的干部，不评价大学的办学业绩，是不可能的，因此，要求公办大学去行政化，根本做不到；要办好大学，主要在于解决大学内部的问题。
这种观点，有很强的迷惑性，深入分析，就不难发现其逻辑根本就不成立。公办大学的钱，其实是纳税人的钱，因此，对于钱该怎么使用，学校该怎么管理，应该由纳税人参与决策。
在发达国家，公立大学的管理，就体现出了“纳税人参与决策”这一原则。政府在管理学校办学时，不是直接向学校发指令，而是通过大学理事会（或董事会）进行决策。大学理事会（董事会）的构成十分广泛，包括政府官员、立法机构成员、大学校领导、大学教师代表、学生代表、校友代表和社会贤达人士。在这样的构成中，政府官员只占大学理事会的一部分，代表政府部门的意见。
大学理事会治理，就既体现了举办者的办学意图，又广泛吸收与办学相关的各方利益群体的意见。这就让公立大学有了公立的本色，同时避免了政府部门强势干预学校的具体办学。在大学理事会的治理中，大学校长的选拔、任命，也从过去的单向任命，改为在大学理事会的领导下，由专门的机构进行公开遴选，按照这一机制选拔、任命的校长，就会从只对政府部门负责，变为对大学理事会负责。由于理事会代表广泛的办学利益，因此，也就是对具体办学负责和师生负责。在理事会选拔、任命校长后，具体的学校办学事务，理事会将不再参与，而是给予校长充分的空间。
很显然，公办大学的“行政化”不是必然的，那种认为公办大学避免不了行政化的观点，是为政府管理大学的思维进行辩护。部门通过拨款权，把人事权、财权都掌握在自己手中。对应大学的理事会治理，在发达国家，对于公办学校的拨款，也不是由部门单方面决定，而是由国家或地方教育拨款委员会决策。这一拨款委员会，通常由立法机构组成，既有专业意见，也代表广泛的民意。在国家或地方教育拨款委员会决策后，部门只是执行机构。
说到底，公办学校之所以行政化，主要原因在于部门不愿意放权，把学校变为自己的下属机构。合理的政府和学校的关系是，部门只是学校的举办者，负责保障学校的投入和依法监管学校办学，具体的办学事务和对学校的评价，这不在部门职责范畴的事。
由于部门不愿意放权，我国的民办学校，也面临严重的行政化问题。虽然民办学校的办学资金来自民间，部门不能管到学校校长的任命和拨款，可是部门照样把办学的具体权力掌握在手中，包括招生权、专业设置权、课程设置权，民办学校和公办学校一样，都没有。所以，大学的自主权，与资金来源有关，但更主要取决于部门管理大学的模式。
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